Eu estou supondo que você tem (você disse que tentou o Pulse Audio), mas acessou através de pavucontrol
?
Você já tentou
amixer set Master 100
Eu tive alguns problemas de som no Ubuntu 14.04 (agora estou usando 16.04, mas nenhum ainda ...) que começou depois de conectar meus fones de ouvido. Eu pensei que tinha a ver com o jack, mas estes passos consertaram isso para mim.
Acho que, naquele momento, o volume principal em pavucontrol
foi silenciado.