Isso funcionou para mim em 'Makefile.config' mude a linha 94 e 95 para
LINHA 94: INCLUDE_DIRS: = $ (PYTHON_INCLUDE) / usr / local / incluir / usr / include / hdf5 / serial
LINHA 95: LIBRARY_DIRS: = $ (PYTHON_LIB) / usr / local / lib / usr / lib / x86_64-linux-gnu / hdf5 / serial