Eu resolvi esse problema desabilitando todos os monitores ao conectar e desconectar do dock.
Eu fiz isso usando o ARandR para criar scripts de shell para minhas diferentes configurações de monitor. Eu faço um para apenas a tela do laptop, um para meus monitores encaixados e um para nenhuma tela em tudo.
Esta solução também resolve o problema onde, às vezes, a configuração correta do monitor não é aplicada automaticamente.