Eu não tenho certeza sobre parar 'vagrant up' e fazer um despejo sql, mas o trabalho upstream disso pode resolver o seu problema. Use vagabundo com as melhores práticas para evitar a corrupção, para começar, então você deve ser de ouro (em termos de prática futura). Sempre execute "parada vagante" ou "suspenso vagante" antes de desligar sua máquina. Se você quer uma salvaguarda para garantir que suas caixas vagantes sejam suspensas antes do desligamento (caso você esqueça de parar ou suspender), siga este guia: link
No meu conhecimento, quando uma caixa está corrompida, você precisa destruí-la e reconstruí-la. Eu tive que lidar com caixas corrompidas antes e é uma dor porque você perde seu (s) banco (s) de dados. Você também pode fazer uma importação de sql em um vagrant provisionado, para que você esteja obtendo o sql de um banco de dados externo. Isso explica como fazer isso: link
Boa sorte!