Como ninguém mais respondeu, e eu consegui resolvê-lo, estou postando a resposta sozinho.
Bem, foi bem direto. Em vez de configurá-lo dentro de um servidor sftp, eu fiz da maneira geral. Eu criei um novo diretório em /var/www
(ou em qualquer outro lugar). Então, usei o comando bind
para montar os diretórios desejados.
#As an example
sudo mount --bind /some/where /else/where
#mounts /some/where under /else/where
Depois, selecionei esse diretório como a casa do usuário. Feito.