Acho que você precisa inicializar a partir de um live cd / usb do Ubuntu para corrigir esse problema. Você quer arrancar a partir do USB ao vivo (tente Ubuntu sem instalar) e reinstalar o GRUB no MBR. Algumas instruções relevantes são aqui .
Como regra geral: Use a ferramenta do Windows para corrigir problemas do Windows e ferramentas do Linux para corrigir problemas do Linux. Isso vai lhe poupar muitos problemas no futuro.
P.S. Mesmo que essa abordagem deva corrigir seu problema, posso ter perdido alguns detalhes importantes, então faça alguma pesquisa (e backup) antes de tentar essas coisas.