O daemon de transmissão envia novamente o arquivo de configuração com as opções antigas quando sai. Para que suas alterações persistam, você precisa editar o arquivo de configuração sem o deamon em execução. Então, primeiro:
sudo stop transmission-daemon
Ou se você não instalou via repositórios do Centro de Software / Official:
sudo killall -HUP transmission-da
Depois, você pode editar o settings.json
como seria de esperar e, em seguida, reiniciar a transmissão:
sudo start transmission-daemon