Você tem apenas um total de 1 GB, dos quais 292 MB são gratuitos. Dependendo do que você está executando, eu diria que é normal. Os 69MB estão sem a parte do cache que pode ser liberada a qualquer momento quando necessário.
Para ver quais programas estão realmente usando mais memória, você deve classificar pela coluna RES no htop (pressione F6 para ordenar).
Mas se você realmente tem problemas de memória, você também pode verificar se você tem algum tmpfs montado. O tmpfs reside no cache de páginas, então o free não reporta como memória usada e você pode ter menos de 292MB.
EDIT: Serviços de bifurcação, como o Apache, tendem a usar a maior parte da memória, especialmente quando o número de solicitações do cliente aumenta. Tente reduzir o número de threads, talvez mude de prefork MPM para worker MPM (veja link ) ou use um servidor mais leve, como o Nginx (veja os comentários abaixo desta resposta).