Você pode simplificar seu comando para
rsync -az --stats 69.46.18.236:/var/www/phrogz.net/public /var/www/phrogz.net/
ou alternativamente
rsync -az --stats 69.46.18.236:/var/www/phrogz.net/public/ /var/www/phrogz.net/public
Como você pode ver, rsync interpreta de forma diferente uma fonte com ou sem um / .
Além disso, -a equivale a -rtplogD , (em relação à linha de comando, -a também adiciona -o , preserva proprietário, -g , preserva grupo e -D , preserva dispositivos e arquivos especiais).
Por fim, a opção --rsh é redundante quando a origem ou o destino está no formato host:/path , com um único : .