Clique duas vezes no aplicativo jar aberto que não encontra o arquivo na pasta raiz jar

Question

No meu aplicativo java eu abro um exe com ProcessBuilder e esse exe faz alguma coisa, esse exe precisa de alguns arquivos e eu os localizei no meu diretório raiz jar mas quando eu executo o jar com duplo clique eu recebo arquivo não existe erro, mas quando eu corro aplicativo do terminal tudo é sucesso.

a propósito, com double click getProperty ("user.dir") pega o caminho errado mas do terminal ele pega o caminho certo.

Código-fonte:

             String exeCommand = "pathtoexe";

             String[] arguments= new String[] { exeCommand,
                    "arg1", "arg2","arg3" };


             ProcessBuilder proc=new  ProcessBuilder(arguments).start();

                    InputStream out = proc.getInputStream();

                    BufferedReader input = new BufferedReader(
                            new InputStreamReader(out));
                    boolean isSuccess = false;
                    String line = null;

                    while ((line = input.readLine()) != null) {
                        System.out.println(line);
                        if (line.contains("OK")) {
                            isSuccess = true;
                            break;
                        }
                    }