O Syslinux não permite partições persistentes na mesma unidade desde o Ubuntu 14.04.
No entanto, uma instalação do tipo Syslinux, (UNetbootin, Rufus, Universal), usará uma partição persistente rotulada casper-rw ou home-rw se ela estiver localizada em uma unidade diferente, interna ou externa. Ele usará o primeiro arquivo ou partição casper-rw que encontrar durante a inicialização
Se você quiser uma partição casper-rw na mesma unidade, use o criador de disco inicializável do tipo grub2 como o mkusb (que funciona com BIOS e UEFI) ou instale o grub2 manualmente na porta USB e monte um ISO.
Se você simplesmente precisa de mais de 4GB de persistência, você pode usar o YUMI para criar o drive, o arquivo casper-rw pode ser maior que 4GB e existe uma versão UEFI.