Não consigo salvar dados no MySQL quando o tomcat está rodando

Question

Eu tenho tomcat 7 e mysql 5.5.46 .

No meu tomcat está executando uma aplicação simples que lê dados do mysql.

Eu tenho outro programa java que armazena dados no mysql.

Ao executar o tomcat e o programa java (aplicativo de desktop), os dados não salvos ficam bloqueados.

Quando eu desligo o tomcat e inicio somente o programa java ele funciona corretamente (!!).

Onde poderia estar errado? Parece que o tomcat ousou escrever outra aplicação no banco de dados.

Ambos os programas funcionam, eles não têm nenhum bug ou erro.

Obrigado pelo seu conselho.

EDITAR:

No meu aplicativo Java dekstop, estou usando DriverManager de java.sql .

No meu aplicativo da web Java, estou usando hibernate .

Meu persisntence.xml é:

<persistence-unit name="org.danekja.edu.pia"  transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
    <provider>org.hibernate.jpa.HibernatePersistenceProvider</provider>

    <properties>
        <property name="hibernate.hbm2ddl.auto" value="update"/>
        <property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema"/>

        <property name="hibernate.connection.driver_class" value="com.mysql.jdbc.Driver"/>

        <property name="hibernate.connection.password" value=""/>
        <property name="hibernate.connection.username" value="root"/>
        <property name="hibernate.connection.url" value="jdbc:mysql://localhost:3306/donutek_db"/>

        <property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect"/>
        <property name="hibernate.validator.apply_to_ddl" value="true" />

        <property name="connection.provider_class" value="org.hibernate.connection.C3P0ConnectionProvider"/>
        <property name="hibernate.c3p0.min_size" value="5"/>
        <property name="hibernate.c3p0.max_size" value="20"/>
        <property name="hibernate.c3p0.timeout" value="300"/>
        <property name="hibernate.c3p0.max_statements" value="50"/>
        <property name="hibernate.c3p0.idle_test_period" value="300"/>

    </properties>
</persistence-unit>

Eu tenho configurações padrão no tomcat e no mysql. Eu não mudei nada porque é só aprender.