Nashorn requer certa sintaxe, mude seu roteiro para (confira a shebang!):
#!/usr/bin/jjs -fv
print("Arguments: " + $ARG);
print($ARG); // arg1, arg2
print($ARG[0]); // arg1
E ao executar, você pode usar:
jjs -scripting asdf.js -- arg1 arg2
imprimirá:
Arguments: arg1,arg2
arg1,arg2
arg1