A solução para o Gnome Shell.
Adicione um atalho personalizado com o comando.
Para mudar para o primeiro layout:
gdbus call --session --dest org.gnome.Shell --object-path /org/gnome/Shell --method org.gnome.Shell.Eval "imports.ui.status.keyboard.getInputSourceManager().inputSources[0].activate()"
inputSources [0] - índice do layout.
> inputSources[0] - first,
> inputSources[1] - second.
etc.