A maneira mais fácil de consertar itens duplicados na sua lista de fontes, que é na verdade apenas um grande arquivo de configuração com URLs. (meio) e você tem dois que são os mesmos.
Abra as fontes de software, desmarque "Parceiros da Canonical". O Conflito é entre "Parceiros Canonicais" e "Parceiros Canonicais Adicionados pelo Centro de Software"
Além disso, se você precisar do skype, pode baixá-lo do site deles, mas também pode usá-lo na Web, caso não queira fazer o download dele. Eu acho que o live.com permite o uso dependendo das suas necessidades. Além disso, se você quiser apenas conversar por vídeo com os amigos, existe um ótimo serviço gratuito, que é mais rápido que o Skype.
É semelhante a hangouts e não requer que você instale nada.