Você pode reiniciar o gerenciador da área de trabalho, que é semelhante a reiniciar o X.
No Ubuntu 11.10:
sudo service lightdm restart
Nas versões anteriores:
sudo service gdm restart
Se isso falhar ou você estiver em um sistema muito antigo, tente:
sudo /etc/init.d/gdm restart
Um deles deve levá-lo de volta à tela de login. Esteja ciente de que você não será solicitado, então salve qualquer trabalho antes de executar este comando!