Primeiro, encontre o BSSID (endereço MAC) do AP que está mais distante. Veja esta resposta sobre como obtê-lo.
Em seguida, clique no indicador NM → escolha Editar conexões ... → e clique na guia Sem fio . Encontre o SSID na lista e clique em Editar .
Agora renomeie a conexão para facilitar a separação e desmarque a caixa de seleção Conectar automaticamente . Digite também o endereço do AP no campo BSSID .
É isso. Você ainda verá os dois APs no indicador NM com o mesmo nome (não sei se você pode mudar isso), mas o seu computador só se conectará automaticamente ao mais próximo.