Eu percebo que essa resposta é cerca de três anos tarde demais. No entanto, continua aparecendo nos resultados da pesquisa, então eu queria respondê-lo.
Você precisa adicionar confirmar ao partman-lvm:
d-i partman/confirm boolean true
d-i partman/confirm_nooverwrite boolean true
d-i partman-lvm/confirm boolean true
d-i partman-lvm/confirm_nooverwrite boolean true
Isso fez o truque para mim no Ubuntu 16.04 / Xenial. Se você estiver fazendo um falso RAID (md0 / mdX), você precisará adicionar os mesmos dois parâmetros para o partman-md:
d-i partman-md/confirm boolean true
d-i partman-md/confirm_nooverwrite boolean true