Eu tive um problema semelhante com o tamanho da fonte das janelas de conteúdo do gerenciador de arquivos depois de conectar meu laptop a um monitor externo, mexendo na resolução da tela e, em seguida, desconectando-a. Para restaurar as proporções adequadas de fontes, executei o comando fc-cache em um terminal, depois efetuei o logout e o login (usando o menu gui, não apenas obtendo meu .profile do terminal).
fc-cache -rv
Isso corrigiu o tamanho da fonte para mim.