Você não pode iniciar um arquivo da área de trabalho dessa maneira. Mova seu arquivo da área de trabalho para ~/.local/share/applications
e use gtk-launch
ou inicie-o via Unity / GNOME Shell ...
gtk-launch shortcut # without any path or extension
No seu caso, um alias seria a melhor solução
Abra seu .profile
em um editor
nano ~/.profile
adicione uma linha como esta
alias compile="g++ /path/to/your/foo.cpp -o /path/to/your/output && /path/to/your/output"
faça logout e faça login novamente ou use
source ~/.profile
Use o comando (alias) com um simples
compile