Instale o pavucontrol deste link usando o Software Center.
Próximo Inicie duas instâncias de vlc para o mesmo arquivo de vídeo, use o seguinte cmd:
'vlc /path/to/video.avi & vlc /path/to/video.avi'
Inicie o pavucontrol em um novo terminal usando o seguinte cmd:
pavucontrol
Agora, na guia de reprodução, role para baixo para encontrar dois aplicativos vlc. Basta alterar a saída de áudio para um dos jogadores.
Defina um dos jogadores no modo de tela inteira e minimize o segundo jogador.