Se você pode evitar escrever coisas no console, isso depende de como a saída do programa é criada. Se for transmitido para saída padrão, então é suficiente para fazer
$ eclipse >/dev/null
e nenhuma saída deve ser feita.
Para suprimir também as mensagens de erro:
$ eclipse >/dev/null 2>&1
Ou no bash, simplesmente:
$ eclipse &>/dev/null
Mas se eles fizerem isso de alguma forma diferente, pode ser um problema impedi-lo de escrever no console.
se possível use a solução dada por MuffinStateWide