Eu começaria a investigar mais detalhadamente monitorando os recursos do sistema que levaram ao congelamento. Ferramentas básicas como htop
ou top
e iotop
funcionam bem. Talvez a RAM ou a troca esteja preenchendo ou a E / S do disco esteja sendo mantida por um processo?
Você pode tentar definir a afinidade da CPU de seu processo intensivo ou definir sua afinidade (acredito que também haja facilidade de E / S) para tentar evitar a privação de recursos para processos do kernel / sistema.