Tem o mesmo problema que você está enfrentando. Eu pedi um cabo FTDI para que eu possa realmente depurar a partir do console serial.
Se você encontrar uma solução antes, me avise. Será atualizado assim que eu tiver mais algumas informações de depuração - já que você está voando às cegas sem o acesso ao console serial.
EDIT: Isto acabou por ser uma imagem defeituosa. Eu tentei isso novamente com o download de uma nova imagem e as coisas estão funcionando bem agora.
Além disso, certifique-se de pressionar o botão "User Boot" quando ligar por pelo menos 5 segundos, caso contrário, o BBB será inicializado em qualquer sistema operacional que está no eMMC, em vez do cartão SD.