Você conseguiu resolver o problema definitivamente? Ou isso simplesmente desapareceu?
Atualmente estou tendo exatamente o mesmo problema: Após a inicialização, posso iniciar exatamente uma aplicação e, alguns segundos depois, os cliques do mouse não funcionam mais. Movimento do mouse e (às vezes) rolagem funcionam bem. Cliques do mouse no trabalho do painel, mas em nenhum outro lugar.
E esta situação pode ser resolvida com
CTRL-ALT T
unity --replace
Mas esta é uma solução tediosa.
O estranho é: Eu já tive problemas semelhantes com bastante frequência. Tais problemas ocorrem aleatoriamente (presumivelmente após uma atualização) e desaparecem novamente algumas semanas depois (presumivelmente após outra atualização), mas até agora eu nunca fui capaz de rastreá-los realmente para baixo. Além do óbvio, isso tem a ver com compiz e unidade ou seus predecessores.
Eu tenho o hardware em operação desde 2011 e tive essa situação uma vez por ano, sempre com o Ubuntu atualizado. Em outro lugar, parece que isso tem a ver com a placa-mãe da ASUS. (Eu tenho um ASUS M4A87TD / USB3)