Você pode usar clamscan
com a opção --remove
para remover automaticamente todos os arquivos infectados da pasta digitalizada. AVISO : os arquivos desapareceram.
clamscan -r --remove /home/USER
Outra possibilidade é mover os arquivos infectados para outra pasta com a opção --move=FOLDER
, para que você possa verificar posteriormente quais arquivos talvez não estejam infectados ou um vírus.
clamscan -r --move=/home/USER/VIRUS /home/USER