Respondendo a mim mesmo caso alguém esteja preso nisso.
No Ubuntu 16.04, as versões padrão são:
# gpg --version
gpg (GnuPG) 1.4.20
e
# gpg-agent --version
gpg-agent (GnuPG) 2.1.11
Eles não são compatíveis. É obrigatório usar o GPG2:
# gpg2 --version
gpg (GnuPG) 2.1.11