Você tem duas opções, acho que a primeira opção é a melhor escolha:
- Reinstalar o Eclipse
- Remova o M2Eclipse e instale o plug-in novamente
Abra a pasta de instalação do eclipse, no seu caso ~/eclipse
remova o seguinte:
rm -r ~/eclipse/plugins/org.eclipse.m2e.*
rm -r ~/eclipse/features/org.eclipse.m2e.*
Reinicie o Eclipse e instale o M2Eclipse novamente:
Inicie o Eclipse e instale o plug-in M2Eclipse novamente.
http://download.eclipse.org/technology/m2e/releases