Você pode definir a dica de urgência usando wmctrl (precisa ser instalado):
some_task ; wmctrl -i -r $WINDOWID -b add,demands_attention
Onde $WINDOWID é uma variável que contém o ID da janela do terminal. Como é longo demais para digitar, você pode configurar um alias para ele em ~/.bashrc :
alias set_urgent='wmctrl -i -r $WINDOWID -b add,demands_attention'
Então você simplesmente executaria:
some_task ; set_urgent
Claro que isso não fará nada se o terminal estiver ativo no momento em que o comando wmctrl for executado.