A maneira mais fácil é provavelmente adicionar "pidgin" à lista de aplicativos de inicialização no Ubuntu.
Veja o seguinte:
Como faço para iniciar aplicativos automaticamente no login?
Como executar o pidgin minimizado no Painel e fazer login automaticamente com as contas ativadas na inicialização. Estou usando o pidgin 2.10.3 no Ubuntu 12.04.
A maneira mais fácil é provavelmente adicionar "pidgin" à lista de aplicativos de inicialização no Ubuntu.
Veja o seguinte:
Como faço para iniciar aplicativos automaticamente no login?
Isso funcionaria
Como iniciar o pidgin e minimizado na inicialização no Ubuntu