Por fim, depois de muitas pesquisas, encontrei uma solução funcionando para mim ( veja aqui )
Então, depois de uma nova instalação, vá para /opt/glassfish4/glassfish/domains/domain1/connfig
e faça o download do startssl certs
wget https://www.startssl.com/certs/ca.pem
wget https://www.startssl.com/certs/sub.class1.server.ca.pem
Em seguida, concata esses dois certificados com meu certificado de domínio
cat mydomain.crt ca.pem sub.class1.server.ca.pem > all.crt
E importe em cacerts
keytool -import -trustcacerts -alias mycert -file all.crt -keystore cacerts.jks
Crie um arquivo p12 com a chave privada do meu domínio
openssl pkcs12 -export -in all.crt -inkey mydomain.key -out mydomain.p12 -name mycert -CAfile ca.pem -caname immed
e importação no keystore
keytool -importkeystore -deststorepass changeit -destkeypass changeit -destkeystore keystore.jks -srckeystore mydomain.p12 -srcstoretype PKCS12 -srcstorepass changeit -alias mycert
e, finalmente, alterar todas as s1as
ocorrências por mycert
em domain.xml
sed -i 's|s1as|mycert|' domain.xml
Ok, agora está funcionando mesmo que eu não entenda o que estou fazendo!