Se nada mais funcionar, você pode usar mencoder
. Não é um editor interativo e resultará na recodificação do vídeo. Se você pode viver com isso, veja como: mencoder -oac pcm -ovc x264 -vf crop=900:690:0:0 -o output.mp4 input.mp4
em que a parte 0: 0 é a coordenada superior esquerda da área recortada. Você pode querer brincar com as opções -oac e -ovc e ver quais codecs produzem os melhores resultados. Use mencoder -ovc help -oac help
para obter uma lista das opções disponíveis.