Se você usar o Nautilus File Manager, poderá criar um arquivo chamado '.hidden' no diretório em que deseja ocultar os arquivos, abri-lo com um editor de texto e adicionar os nomes dos arquivos que deseja ocultar (com cada arquivos respectiva extensão também).
Este não é um método automático de ocultação de arquivos no sistema sem renomeá-lo (no Linux, os arquivos e pastas são ocultos automaticamente se tiverem "." na frente do nome do arquivo / pasta). Você teria que fazer isso manualmente para cada arquivo / pasta que você deseja efetuar; e só é viável para os arquivos / pastas do sistema Windows que você realmente quer manter ocultos e não querer mexer.