Experimente o Zim, ele tem um plug-in de inserção de equações razoavelmente bom, você insere o código de látex e a equação correspondente é renderizada no documento, você pode clicar com o botão direito na equação e editar o código de Látex subjacente também. Zim tem um recurso de exportação para látex que criará um arquivo de látex que você pode rodar para criar bons pdfs de suas anotações.
Leia sobre isso aqui
Uma captura de tela:
o mais recente deb a instalar disponível aqui:
Outra ferramenta para esse tipo de trabalho é o Emacs Org Mode, ele é muito strong em tabelas e permite usar equações de látex no texto, mas não renderizadas. todas as notas podem ser exportadas para o latex, que podem então ser compiladas em pdf, equações de boa aparência e tabelas estarão em seus pdfs.
Links sobre o Modo Org do Emacs: