Você precisa instalar / reinstalar o grub no próprio Live USB.
Assumindo que o Live USB é /dev/sdc
, por exemplo, você pode se safar com apenas
grub-install /dev/sdc
se você tiver sorte. Caso contrário, você pode precisar ir a rota mais complexa, como mostrado em
Como reparar, restaurar ou reinstalar o Grub 2 com um Live CD do Ubuntu ou USBexceto que você pode fazer tudo isso usando o seu sistema de HDD em funcionamento em vez de um Live CD.