Tudo bem, depois de algumas tentativas eu finalmente consegui o objetivo. A chave para o sucesso foram duas regras abaixo:
-A PREROUTING ! -s 10.42.0.1/32 ! -d 10.42.0.1/32 -p tcp -m tcp --dport 53 -j DNAT --to-destination 10.42.0.1:53
-A PREROUTING ! -s 10.42.0.1/32 ! -d 10.42.0.1/32 -p udp -m udp --dport 53 -j DNAT --to-destination 10.42.0.1:53
Espero que isso ajude alguém