Não, você não pode ter certeza. Você sempre poderá fazer o download e fazer o backup de uma versão específica de um software para instalar em versões posteriores, caso seja expulso dos repositórios. Mas eu recomendo strongmente que você não faça isso. Atualizações e upgrades de software para o Ubuntu são bem testadas e não devem causar problemas. Claro que não há garantia. Se os pacotes de software são atualizados e atualizados, eles são por um bom motivo (problemas de segurança, software legado, etc.) e você deve instalá-los.