Eu configurei o Macbook de um amigo para o Ubuntu 14.04 com o OSX. Para o registro, ela tem um Macbook Pro 9,2 (o modelo de 2012).
O clique direito não funcionou imediatamente. Uma pesquisa no google me fez este post (eu sei que é para 12, mas eu foi desparate) que sugeriu que eu instalasse o input-mtrack. Eu fiz e editei o arquivo synaptic - que o IIRC estava sob /etc/X11/xorg.conf.d/50-synaptic-SOMETHING.conf (me perdoe, eu não estou na frente do computador em questão agora). Depois de reiniciar o lightdm, as mudanças pareciam não ter feito nada.
O que me intriga é que, literalmente, ninguém mais parece ter esse problema com versões recentes de Macbooks ou Ubuntu. Como eu resolvo isso? O trackpad está claramente configurado com dois botões abaixo para que ele possa "capturar" cliques, mas o Ubuntu interpreta ambos como botões primários.
Um pouco de informação extra que pode ser útil: Ainda é completamente virgem (além de input-mtrack é uma instalação padrão) e o Ubuntu reconhece um mouse USB (incluindo o botão direito).