O Startup Disk Creator só funcionará com o Ubuntu e outras distros do Linux.
Você precisa instalar o WinUSB se quiser fazer USBs inicializáveis contendo o Windows através do Ubuntu.
Para instalar o WinUSB, abra um Terminal e insira os seguintes comandos -
wget https://launchpad.net/~colingille/+archive/freshlight/+files/winusb_1.0.11+saucy1_amd64.deb
sudo dpkg -i winusb_1.0.11+saucy1*
sudo apt-get -f install