De acordo com a documentação do Apache :
% bl0ck_qu0te%Eu acho que o seu programa (elf executável) não imprime o cabeçalho http antes do conteúdo.
UPDATE
Para executar o programa CGI no seu diretório home /var/www você deve adicionar:
<Directory /var/www>
Options +ExecCGI
AddHandler cgi-script .bin
</Directory>
Onde a diretiva AddHandler permite a execução do programa gci para todos os arquivos que terminam com a extensão .bin no diretório /var/www .
Outra possibilidade é criar seu diretório cgi-bin e colocar seu executável nele.
Nesse caso, adicione seu arquivo de configuração do Apache:
<Directory /var/www/mycgi-bin>
Options ExecCGI
SetHandler cgi-script
</Directory>