Em maio de 2012, o suporte no kernel do Linux ainda estava cheio de bugs e sendo trabalhou em. Por exemplo, hot-plugging não funcionou, enquanto o cold-plugging funcionou, etc.
Considerando que o novo kernel do Linux só aparecerá no Ubuntu 12.10 (outubro de 2012), acho que é o mais antigo que você pode esperar para ter suporte parcial ao Thunderbolt no Ubuntu.