Primeiro, você deve ter um backup dos seus dados pessoais, porque os discos rígidos estão travando o tempo todo.
Segundo, eu recomendaria uma reinstalação completa, porque chegar ao fundo de seus problemas é muito difícil de realizar.
Para tornar as coisas não muito difíceis, você pode se lembrar de todos os pacotes instalados via apt / dpkg usando
$ dpkg --get-selections "*" > package.list
salve o arquivo em algum lugar, salve, reinstale e restaure a seleção de pacotes.
$ sudo dpkg --set-selections < package.list
$ sudo apt-get -u dselect-upgrade
A restauração dos dados que você salvou antes e você deve estar pronto.