Infelizmente, você deve desativar a aceleração 3D. Não sei porque, mas apenas faça. Está resolvido o mesmo problema com a minha instalação.
Estou apenas começando com o SDK do Ubuntu, tentando configurar tudo e estou correndo para um bug gráfico que não consigo encontrar uma solução, ou mesmo para qualquer outra pessoa que pareça ter o mesmo problema. Basicamente, a janela de conteúdo principal do SDK (que, na verdade, acho que é o Qt Creator) não deixará QUALQUER COISA passar por cima dele, mesmo quando não tiver foco. Está até aparecendo na tela de bloqueio . O mais próximo que eu encontrei do mesmo problema é janelas OpenGL sempre no topo , mas Eu não estou usando o Unity-2D, então não sei para onde ir a partir daqui. Isso está chegando ao ponto de ficar inutilizável, já que eu não posso nem usar coisas como o menu de opções do Qt Creator porque ele está desenhando sobre elas a menos que eu mova a janela depois de abrir o diálogo para que ele pare de desenhar sobre ele. Estou executando o 14.04 LTS de 64 bits, recém-instalado em uma VM dentro do Virtualbox no Mac OS X 10.9.5, com a aceleração 3D ativada e funcional, se isso for útil.
Infelizmente, você deve desativar a aceleração 3D. Não sei porque, mas apenas faça. Está resolvido o mesmo problema com a minha instalação.