Você pode usar o BleachBit para conseguir isso,
Instale o BleachBit na sua máquina Ubuntu
sudo apt-get install bleachbit
Faça o download da versão mais recente usando o seguinte comando:
wget -c http://katana.oooninja.com/bleachbit/sf/bleachbit_0.9.5_all_ubuntu1210.deb
Agora instale o BleachBit e suas dependências usando o comando:
sudo dpkg -i bleachbit_0.9.5_all_ubuntu1210.deb; sudo apt-get -f install
você pode abrir o BleachBit no Terminal ou no Menu
Além disso, você pode adicionar uma ação de exclusão segura com clique direito em arquivos e pastas com as seguintes etapas
Certifique-se de ter o bcwipe instalado no repo. Crie um arquivo wipefiles.desktop e cole este código nele.
[Desktop Action delete]
Exec=bcwipe -rf -mt
Icon=bleachbit
Name=Delete File
[Desktop Entry]
Actions=delete;
Name=wipefolders
Name[en_US]=wipefolders
Type=Service
X-KDE-ServiceTypes=all/allfiles,inode/directory,KonqPopupMenu/Plugin
Como root (obviamente), coloque-o em /usr/share/kde4/services/ServiceMenus
Faça logout e volte. Agora deve haver uma opção segura Excluir arquivo no menu Ações quando você clica com o botão direito do mouse em um arquivo ou pasta.
Espero que isso ajude!