Eu assumo que quando você instalou o php você usou algo como
sudo apt-get install php5 libapache2-mod-php5 php5-mcrypt
Você se lembrou de modificar o Apache, então ele procura por .php antes de .html?
sudo nano /etc/apache2/mods-enabled/dir.conf
Deve ser algo assim:
<IfModule mod_dir.c>
DirectoryIndex index.php index.html index.cgi index.pl index.xhtml index.htm
</IfModule>
Note que index.php deve ser o primeiro.
Após a alteração ter sido feita, basta reiniciar o servidor
sudo service apache2 restart