Eu não acho que o dbus esteja rodando na sessão ssh remota. Você precisa começar você mesmo, mas isso é muito fácil de fazer:
dbus-launch gsettings set com.canonical.Unity.Launcher favorites ...
Verifique também se o usuário está correto, você pode definir configurações para outro usuário (se é isso que você está fazendo) assim:
sudo -u other dbus-launch gsettings set com.canonical.Unity.Launcher favorites ...
O texto acima assume que o usuário que você está alterando as configurações para "outro" é alterado conforme apropriado.