Acontece que na verdade era o SSD montado em /
dando problemas. Eu descobri usando o guia do Live CD Recovery com
$ sudo fdisk -l /dev/sdb
Então eu tive que reinstalar o Ubuntu de volta no SSD usando uma chave USB (veja this ).
Após a reinicialização, o GRUB ficou quebrado. Eu consertei isso usando a ferramenta boot-repair
que eu instalei na chave USB Ubuntu ao vivo de um PPA (veja isso ).