Inicialize no Windows e execute um:
CHKDSK /F X:
onde X:
é a letra da unidade no Windows ...
Se isso não ajudar, clique com o botão direito em Computador , propriedades , avançado , arquivo de troca , recriar o arquivo de troca do Windows ....
(questão do Ubuntu, solução do Windows) e eu iria converter ntfs a unidade .... FAT só tem muitos problemas. É a tecnologia Windows95 depois de tudo ...: - (