No Ubuntu 16.04, isso é bastante simples de desabilitar, mesmo que não seja intuitivo. Basta digitar o seguinte comando em um terminal:
gsettings set org.compiz.unityshell:/org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/ scroll-inactive-icons false
Se você quiser reativá-lo, faça o oposto:
gsettings set org.compiz.unityshell:/org/compiz/profiles/unity/plugins/unityshell/ scroll-inactive-icons true