Eu não acho que você possa impedir que o disco rígido gire na inicialização. É provável que apenas o POST da sua placa-mãe ou o BIOS sondem a unidade. Ambas as ações são necessárias para que o disco rígido fique acessível quando você inicializar o sistema operacional.
Os comandos que você postou em sua pergunta devem, de fato, colocar o drive em standby após o login ou durante o processo de boot do Ubuntu, dependendo de qual você usar.